针对您提出的开店卫生费收取部门问题，其合法性及主管部门的确定需依据相关法律法规。
根据《城市市容和环境卫生管理条例》（国务院令第101号）第二十九条规定：“城市人民政府市容环境卫生行政主管部门对城市生活废弃物的收集、运输和处理实施监督管理。” 同时，第三十四条规定：“有下列行为之一者，城市人民政府市容环境卫生行政主管部门或者其委托的单位除责令其纠正违法行为、采取补救措施外，可以并处警告、罚款：（一）随地吐痰、便溺，乱扔果皮、纸屑和烟头等废弃物的；（二）在城市建筑物、设施以及树木上涂写、刻画或者未经批准张挂、张贴宣传品等的；（三）在城市人民政府规定的街道的临街建筑物的阳台和窗外，堆放、吊挂有碍市容的物品的；（四）不按规定的时间、地点、方式，倾倒垃圾、粪便的；（五）不履行卫生责任区清扫保洁义务或者不按规定清运、处理垃圾和粪便的；（六）运输液体、散装货物不作密封、包扎、覆盖，造成泄漏、遗撒的；（七）临街工地不设置护栏或者不作遮挡、停工场地不及时整理并作必要覆盖或者竣工后不及时清理和平整场地，影响市容和环境卫生的。” 由此可见，市容环境卫生行政主管部门是卫生费收取的法定主体，其他部门或机构收取需获得其授权。因此，开店卫生费的合法收取部门应为当地市容环境卫生行政主管部门或其委托的单位。
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开店卫生费收取过程中，若未明确收费部门，可能面临以下法律风险：
1. 重复收费风险：例如，商家已向街道办事处缴纳卫生费，但市容环境卫生部门因未收到缴费记录，再次要求缴费，导致商家承担双重费用。
2. 缴费无效风险：若向非授权的第三方公司缴费，该公司未将费用上缴至主管部门，商家可能被认定为未缴费，面临滞纳金或行政处罚，影响门店正常运营。
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在处理开店卫生费收取部门的问题时，以下常见错误操作可能导致权益受损：
1. 未核实收费主体直接缴费：若向无授权的个人或机构缴费，可能面临重复收费或缴费无效的风险，例如部分不法分子冒充环卫部门收费，导致商家遭受经济损失。
2. 忽视保留收费依据：未索要官方收费文件或凭证，当后续出现收费争议时，无法证明缴费的合法性及金额，可能被要求重复缴费或面临处罚。
3. 对非法定部门收费未提出异议：若街道、社区等非主管部门无授权收费，商家未及时提出异议并拒绝缴费，可能助长乱收费行为，且难以通过法律途径追回款项。
若您已出现上述错误操作或对收费部门仍有疑问，建议及时向专业律师咨询，避免造成更大损失。
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开店卫生费的收取部门可能因以下特殊情况发生变化，进而影响处理方式：
1. 当地政府未明确收费部门：若本地区尚未出台具体的卫生费收取管理办法，未明确法定收费主体，商家可向市容环境卫生部门申请减免或暂缓缴费，避免向不确定的部门缴费导致权益受损。
2. 收费部门存在委托关系变更：若原委托的第三方公司被取消授权，但仍继续收费，商家需及时核实最新的委托信息，避免向已无资质的机构缴费，否则可能导致缴费无效。
3. 跨区域经营的特殊规定：若门店位于城乡结合部，可能涉及市容环境卫生部门与乡镇政府的职责交叉，需确认具体的管辖部门，避免因部门推诿导致缴费延误或错误。

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